香港大学副校长（研究），主要负责研究、创新创业、知识交流以及研究生教育，兼任香港大学深圳研究院院长。

申作军教授主持了多个美国国家科学基金National Science Foundation（NSF）项目。在国际重要学术期刊与会议上发表论文200余篇，是重要教材Fundamentals of Supply Chain Theory的作者之一。担任Operations Research、Naval Logistics Research、Production and Operations Management、 Omega等期刊副主编，担任Computers & Operations Research和International Journal of Inventory Research编委。

申教授是物流与供应链管理领域的国际领军人物，在供应链设计、系统优化和管理领域做出了大量开创性的工作，获得了2003年美国国家科学基金杰出青年教授奖 （NSF CAREER Award）、2008年国际运筹与管理科学学会查克·雷夫尔新星奖。他是国际生产与运营管理学会主席、国际运筹与管理科学学会会士、生产与运营管理学会会士。